1 Intensifikasi Keilmuan Al-Qur’an (dibawah bimbingan Pengasuh Pesantren), Hadits, Fiqh, Bahasa dan Mafikib.
2 Moving Class (Pembelajaran bertempat di ruang yang sesuai dengan materi/kompetensi yang disampaikan).
3 Sorogan (Siswa-santri berperan aktif dalam pembelajaran dan akselarasi penyelesaian materi/kompetensi)
4 Team Teaching (Kelompok Tenaga Pendidik dengan latar belakang pendidikan dan pengalaman yang beragam, sesuai dengan kompetensi yang diajarkan)
5 Small Class dan Small Group Learning.
6 Kurikulum integral antara kurikulum formal madrasah (kurikulum nasional) dan pondok pesantren.
7 Program pilihan IPA dan IPS untuk MA.
8 Pengajian Kitab Harian (Dilaksanakan pada Waktu Sore dan Malam)
9 Kegiatan Kajian Kitab di Bulan Romadlon (Pasan)
10 Komputerisasi Data dan Nilai/Raport Hasil pembelajaran yang bisa diakses oleh siapa saja dan kapan saja melalui website : www.yajri.or.id (Penilaian terperinci sesuai materi/Kompetensi Dasar yang diajarkan).
11 Pelatihan Khitobah, leadership, life skill dan kemasyarakatan di lingkungan pesantren.
12 Metode “menemani” dan melayani selama kegiatan belajar mengajar.